Cristalografía por Métodos Directos y Refinamiento de Estructuras Orgánicas

  • Dr Gerrardo Aguirre Hernández (IT, Tijuana).
  • Dr. Fernanado Ortega Chicote. (IT, Tijuana).
  • Dr. Sylvain Bernés Flouriot (Facultad de Química, UNAM).
  • Cecilia Rodríguez de Barbarín (FCQ, UANL).
  • Rafael Moreno Esparza (FQ, UNAM).

 

 

I. Introducción a la cristalografía de moléculas orgánicas

II. Resolución del problema de la fase en ausencia de átomo pesado

II.1 Introducción
II.2 El problema de la fase en moléculas orgánicas
II.3 Factores de estructura normalizados
II.4 desigualdades de Harker y Kasper


a. Restricción de la fase en el grupo P` 1
b. Aplicación del teorema de Cauchy-Schwarz
c. Uso práctico de las desigualdades de Harker y Kasper

II.5 Ecuación de Sayre. Relaciones S 1 y S 2
a. Grupos centrosimétricos
b. Grupos no centrosimétricos
c. Establecimiento del origen de la celda
d. Aplicación: adición simbólica

II.6 Relaciones sobre cuartetos

II.7 Introducción a la síntesis de Fourier

II.8 Ejercicios

II.9 Referencias


III. Refinamiento de estructura orgánicas con el sistema SHELXL

III.1 Introducción
III.2 Síntesis de Fourier con D F

a. Mapas de Fourier en cristalografía de monocristal
b. Calculo de mapas de Fourier usando SHELXL
c. Ejemplo

III.3 Refinamiento por mínimos cuadrados

a. Mínimos cuadrados lineales
b. Mínimos cuadrados no lineales
c. Esquema de ponderación
d. Mínimos cuadrados en SHELXL

III.4 Refinamiento con restricciones y constricciones

a. Definiciones
b. Restricciones y constricciones en SHELXL
c. Ejemplo

III.5 Resultados: índices R1, R2 y S

III.6 Configuración absoluta

III.7 Conclusión

III.8 Bibliografía


IV. Interpretación de las estructuras cristalinas

IV.1 Introducción
IV.2 Errores humanos
IV.3 El valor de R, ¿lo más importante?


a. El índice de ajuste R
b. Las reflexiones débiles
c. Los esquemas de ponderación
d. La relación datos/parámetros

IV.4 Desviación estandar estimada 'esd'

a. Las coordenadas fraccionaria
b. Las constantes de la celda y el "cero" del aparato


IV.5 Grupo espacial incorrecto

a. Los elementos de simetría omitidos
b. Ejemplos
c. Centro de simetría


IV.6 Correciones de absorbción


a. ¿Cuándo es imprescindible corregir los efectos de absorción?
b. ¿Como corregir estos efectos?

IV.7 Los elipsoides térmicos
a. Elipsoides y error sistemático
b. Errores del modelo estructural empleado


IV.8 Los problemas con los átomos ligeros

a. Localización de H en presencia de átomos pesados
b. Localización de H en moléculas orgánicas

IV.9 Estructuras acéntricas

a. Peculiaridades de las estructuras acéntricas
b. Dispersión anómala

IV.10 Datos insuficientes, interpretación errónea

IV.11 Bibliografía


 

 
D.R.@1998. Sociedad Mexicana de Cristalografía A.C. Cd. México México.

SMCr. 2004